Avant la création de la FETONAS en 1976, la natation au Togo était une activité informelle pratiquée principalement par les pêcheurs et les agriculteurs. Le sauvetage, en tant que discipline organisée, n'existait pas encore.

La fondation de la FETONAS a marqué un tournant décisif, visant à éliminer les préjugés associés à la natation, à structurer l'activité et à promouvoir le sauvetage. Sous la direction de son premier président, Komlanbigue Pikabe (1976-2013), la fédération a établi les bases de la natation et du sauvetage modernes au Togo.

À partir de 2013, sous la présidence de Kpossi Kwami (2013-2022), la FETONAS a continué d'élargir son action avec un soutien renforcé aux clubs existants et la création de nouveaux. L'actuel président, Daou Essonana, poursuit depuis 2022 les efforts pour renforcer la natation et le sauvetage au Togo. Les clubs ont continué de se multiplier, et les formations de sauveteurs qualifiés ont permis de promouvoir la sécurité aquatique dans tout le pays.